Agüero se convirtió en el 7° jugador en la historia de la Selección Argentina en llegar a los 100 partidos jugados. Ganó 59, empató 24 y perdió 17. El Kun integra ese selecto grupo junto a Messi, Mascherano, Zanetti, Ayala, Di María y Simeone. 62 los jugó como titular y en 38 ingresó desde el banco.
Sus 42 tantos lo ubican en el tercer puesto en la tabla de goleadores históricos de la Selección, detrás de Messi y Batistuta. En el detalle, hizo 22 en amistosos, 9 en Copa América, 8 en Eliminatorias y 2 en Mundiales. Jugó el Mundial 2010, 2014 y 2018. Participó de las Copas América 2011, 2015, 2016, 2019 y 2021.
Los números dicen mucho y nada al mismo tiempo. Despojarse del contexto impide un análisis certero. En líneas generales decir que Agüero tiene mejores números que actuaciones en la Selección es tan cierto como que en la mayorías de las competencias contó con un marco desfavorable, en donde corrió de atrás en la consideración de los entrenadores de turno.
En su historia con la Selección, Agüero fue dado de baja del Mundial 2006 porque Pekerman apostó por Rodrigo Palacio. El año anterior había sido campeón Sub 20 en Holanda, con poco protagonismo, pero con buena participación en la final ante Nigeria, en donde le hicieron un penal. La Copa América 2007 no la jugó porque estaba abocado al Mundial Sub 20, en donde fue campeón y figura indiscutida.
Aunque los Juegos Olímpicos no son parte de su centenario en la Selección, cabe destacar que en 2008 participó en la conquista dorada, en un equipo que contaba con Messi, Riquelme y Di María, entre otros. Sus dos goles fueron fundamentales para lograr el pase a la final contra el Brasil de Ronaldinho.
En 2010 llegó el primer mundial. Ya con Maradona, corrió de atrás en la consideración pese a su muy buena temporada, con Europa League ganada en Atlético de Madrid incluída. En la nómina de los que fueron a Sudáfrica, además de Messi, Argentina contó con Higuaín, Tevez, Diego Milito y Palermo como delanteros. El Kun solamente jugó dos partidos, ambos desde el banco. Ante Corea del Sur fue clave para sellar el triunfo 4-1 y frente a Alemania entró cuando Argentina perdía 3-0 (luego 4-0).
En la Copa América de 2011 fue suplente en los dos primeros partidos. Le hizo un gol en el empate a Bolivia entrando desde el banco y con su doblete ante Costa Rica guió al equipo a los cuartos de final, en donde llegaría la eliminación ante Uruguay. Dentro de la malaria, resultó el goleador del equipo en el certamen con 3 tantos.
En el camino rumbo a Brasil 2014, su ingreso contra Colombia fue clave para remontar el ciclo Sabella y lograr un triunfo refundacional en Barranquilla. Se convirtió en una fija y conformó el ataque de los "4 Fantásticos", junto a Ángel Di María, Lionel Messi y Gonzalo Higuaín.
El Mundial 2014 quizás sea su gran lunar en su larga estadía en la Selección. Llegó con poco resto físico luego de una ardua temporada en Manchester City y con problemas personales que incluían duras críticas de Diego Maradona. No marcó goles en ninguno de los tres partidos en los que fue titular de la fase de grupos. Una lesión contra Nigeria lo sacó de octavos y cuartos. Con una evidente falta de fútbol y ritmo, ingresó contra Holanda y convirtió su penal en la serie. Luego fue suplente en la final contra Alemania y no tuvo una buena actuación en el segundo tiempo.
Luego de la partida de Sabella, llegó el turno de Martino. Pese a la modificación del esquema, Agüero conservó su lugar dentro del equipo en la Copa América 2015, en donde fue el máximo goleador del equipo con 3 tantos. En la final contra Chile fue reemplazado faltando 15 minutos y en su lugar ingresó Higuaín, que luego malogró su penal.
Al año siguiente, Martino optó por darle la titularidad a Gonzalo Higuaín. Pese a que no marcó goles en la fase de grupos y Agüero sí (a Panamá, en el 5-0), el Pipita conservó su lugar y respondió con tantos en cuartos (2 a Venezuela) y en semis (2 a Estados Unidos). El Kun la peleó de atrás y en la final contra Chile casi se viste de héroe en el rato que le tocó jugar, pero Claudio Bravo tuvo una atajada memorable. En los penales, el gol del Kun no sirvió de mucho: Chile se volvió a consagrar campeón.
Pasó Bauza, con más pena que gloria: 3 partidos jugados de titular, ningún gol y un penal errado contra Paraguay. Llegó Sampaoli, decidido a darle todo el protagonismo que no había tenido en los últimos años. Pero pasaron cosas. Un choque automovilístico lo privó de jugar los partidos decisivos para ir a Rusia 2018. Su notable rendimiento en Manchester City lo puso en un lugar de privilegio. En el fatídico Mundial comenzó como titular contra Islandia y respondió con un gol. Ante Croacia mantuvo su lugar entre los 11, el equipo sufrió un duro 0-3 y una crítica hacia el entrenador ante la prensa no solamente expuso las diferencias internas que había sino que además terminó por sacarlo del equipo. El día de la angustiante clasificación contra Nigeria ingresó desde el banco. El colmo de lo inexplicable fue la apuesta por jugar el partido decisivo contra Francia sin un 9 natural. Así, el Kun tuvo solamente 24 minutos en cancha, hizo un gol, pero ya era tarde: Argentina se despidió y el escenario no pudo ser peor.
La Copa América 2019, con Scaloni en el cargo, la inició como titular. Argentina perdió 2-0 en el debut contra Colombia y Agüero perdió su lugar. Luego de ingresar bien ante Paraguay, regresó al equipo contra Qatar. Hizo un gol y en adelante no salió más. El trío con Lautaro Martínez y Messi parecía ilusionar, pero Argentina se topó con Brasil y se despidió en semifinales.
Desde que se lesionó a principios de 2020 que Agüero perdió su lugar preponderante en Manchester City. Luego llegó la pandemia, otra lesión en la rodilla, el contagio de Coronavirus, el contrato por vencer y así fue como pasó a ser relegado en el club en el que es el máximo ídolo. En ese contexto llegó a esta Copa América. El mal arranque de Lautaro Martínez le abrió la puerta para ganarse un lugar. Fue titular contra Paraguay y Bolivia y, además de no marcar ningún gol, quedó en evidencia que está lejos de ser aquel que supo.
Más allá de que su presencia es una fija en la Selección en los últimos 15 años, nunca pudo trasladar su gran rendimiento en los clubes a la Selección. En el día de su partido número 100, Agüero sigue firme en lo que lo trajo hasta acá y está dispuesto a pelearla desde atrás, otra vez.
Su primera participación fue el 3 de septiembre de 2006, en el inicio del segundo ciclo de Alfio Basile en la Selección. Agüero no fue tenido en cuenta para el Mundial 2006 y con la salida de Pekerman fue parte de la renovación. Aquel día jugó 25 minutos en la dura derrota 3-0 ante Brasil en Inglaterra.
El primer gol coincidió con su primer partido de titular. Luego de 5 juegos ingresando desde el banco, el 17 de noviembre de 2007 hizo un tanto en la goleada 3-0 ante Bolivia por las Eliminatorias en el Monumental.
Justamente Bolivia es al país al que más goles le hizo. En 8 partidos le marcó 7 goles: 5 en amistosos, 1 por Eliminatorias y 1 por Copa América.
De los 100 que jugó, al rival que más enfrentó fue a Chile, con 10 partidos. Lo siguen Bolivia y Paraguay, con 8 encuentros.
| TORNEO | PARTIDOS | GOLES | PROMEDIO |
| Amistoso | 37 | 22 | 0,59 |
| Copa América | 23 | 9 | 0,39 |
| Copa del Mundo | 12 | 2 | 0,17 |
| Eliminatorias | 28 | 9 | 0,29 |
| TOTAL | 100 | 42 | 0,42 |
| # | RIVAL | GANÓ | EMPATÓ | PERDIÓ | TOTAL | GOLES |
| 1 | Chile | 6 | 3 | 1 | 10 | 1 |
| 2 | Paraguay | 3 | 3 | 2 | 8 | 4 |
| 3 | Bolivia | 6 | 1 | 1 | 8 | 7 |
| 4 | Brasil | 1 | 1 | 5 | 7 | |
| 5 | Ecuador | 2 | 3 | 1 | 6 | 3 |
| 6 | Colombia | 2 | 3 | 1 | 6 | 1 |
| 7 | Uruguay | 3 | 2 | 5 | 4 | |
| 8 | Alemania | 2 | 2 | 4 | 1 | |
| 9 | Nigeria | 3 | 1 | 4 | 1 | |
| 10 | Venezuela | 4 | 4 | 1 | ||
| 11 | Francia | 2 | 1 | 3 | 1 | |
| 12 | Perú | 1 | 2 | 3 | ||
| 13 | Bosnia | 2 | 2 | 2 | ||
| 14 | México | 1 | 1 | 2 | 2 | |
| 15 | Rusia | 2 | 2 | 2 | ||
| 16 | Croacia | 1 | 1 | 2 | 1 | |
| 17 | España | 1 | 1 | 2 | 1 | |
| 18 | Costa Rica | 1 | 1 | 2 | ||
| 19 | Albania | 1 | 1 | 1 | ||
| 20 | Canadá | 1 | 1 | 1 | ||
| 21 | Egipto | 1 | 1 | 1 | ||
| 22 | Haití | 1 | 1 | 1 | ||
| 23 | Islandia | 1 | 1 | 1 | ||
| 24 | Panamá | 1 | 1 | 1 | ||
| 25 | Qatar | 1 | 1 | 1 | ||
| 26 | Suecia | 1 | 1 | 1 | ||
| 27 | Arabia Saudita | 1 | 1 | |||
| 28 | Australia | 1 | 1 | |||
| 29 | Corea del Sur | 1 | 1 | |||
| 30 | Eslovenia | 1 | 1 | |||
| 31 | Estados Unidos | 1 | 1 | |||
| 32 | Grecia | 1 | 1 | |||
| 33 | Guatemala | 1 | 1 | |||
| 34 | Holanda | 1 | 1 | |||
| 35 | Honduras | 1 | 1 | |||
| 36 | Irán | 1 | 1 | |||
| 37 | Nicaragua | 1 | 1 | |||
| 38 | Rumania | 1 | 1 | |||
| 39 | Suiza | 1 | 1 | |||
| TOTAL | 59 | 24 | 17 | 100 | 42 |
| # | FECHA | INGRESÓ | MINUTOS | RIVAL | TORNEO | CONDICIÓN | RESULTADO | GF | GC | GOLES PROPIOS |
| 1 | 03/09/2006 | Suplente | 25 | Brasil | Amistoso | Neutral | Perdió | 0 | 3 | |
| 2 | 11/10/2006 | Suplente | 19 | España | Amistoso | Visitante | Perdió | 1 | 2 | |
| 3 | 07/02/2007 | Suplente | 7 | Francia | Amistoso | Visitante | Ganó | 1 | 0 | |
| 4 | 11/09/2007 | Suplente | 1 | Australia | Amistoso | Visitante | Ganó | 1 | 0 | |
| 5 | 13/10/2007 | Suplente | 17 | Chile | Eliminatorias | Local | Ganó | 2 | 0 | |
| 6 | 17/11/2007 | Titular | 75 | Bolivia | Eliminatorias | Local | Ganó | 3 | 0 | 1 |
| 7 | 26/03/2008 | Titular | 85 | Egipto | Amistoso | Visitante | Ganó | 2 | 0 | 1 |
| 8 | 04/06/2008 | Titular | 85 | México | Amistoso | Neutral | Ganó | 4 | 1 | 1 |
| 9 | 08/06/2008 | Titular | 88 | Estados Unidos | Amistoso | Visitante | Empató | 0 | 0 | |
| 10 | 15/06/2008 | Titular | 90 | Ecuador | Eliminatorias | Local | Empató | 1 | 1 | |
| 11 | 18/06/2008 | Suplente | 23 | Brasil | Eliminatorias | Visitante | Empató | 0 | 0 | |
| 12 | 06/09/2008 | Suplente | 45 | Paraguay | Eliminatorias | Local | Empató | 1 | 1 | 1 |
| 13 | 10/09/2008 | Titular | 62 | Perú | Eliminatorias | Visitante | Empató | 1 | 1 | |
| 14 | 11/10/2008 | Titular | 70 | Uruguay | Eliminatorias | Local | Ganó | 2 | 1 | 1 |
| 15 | 15/10/2008 | Titular | 90 | Chile | Eliminatorias | Visitante | Perdió | 0 | 1 | |
| 16 | 11/02/2009 | Titular | 81 | Francia | Amistoso | Visitante | Ganó | 2 | 0 | |
| 17 | 28/03/2009 | Titular | 78 | Venezuela | Eliminatorias | Local | Ganó | 4 | 0 | 1 |
| 18 | 06/06/2009 | Titular | 40 | Colombia | Eliminatorias | Local | Ganó | 1 | 0 | |
| 19 | 12/08/2009 | Titular | 61 | Rusia | Amistoso | Visitante | Ganó | 3 | 2 | 1 |
| 20 | 05/09/2009 | Suplente | 45 | Brasil | Eliminatorias | Local | Perdió | 1 | 3 | |
| 21 | 09/09/2009 | Titular | 58 | Paraguay | Eliminatorias | Visitante | Perdió | 0 | 1 | |
| 22 | 24/05/2010 | Suplente | 21 | Canadá | Amistoso | Local | Ganó | 5 | 0 | 1 |
| 23 | 17/06/2010 | Suplente | 16 | Corea del Sur | Copa del Mundo | Neutral | Ganó | 4 | 1 | |
| 24 | 22/06/2010 | Titular | 76 | Grecia | Copa del Mundo | Neutral | Ganó | 2 | 0 | |
| 25 | 03/07/2010 | Suplente | 16 | Alemania | Copa del Mundo | Neutral | Perdió | 0 | 4 | |
| 26 | 07/09/2010 | Suplente | 22 | España | Amistoso | Local | Ganó | 4 | 1 | 1 |
| 27 | 20/06/2011 | Suplente | 29 | Albania | Amistoso | Local | Ganó | 4 | 0 | 1 |
| 28 | 01/07/2011 | Suplente | 20 | Bolivia | Copa América | Local | Empató | 1 | 1 | 1 |
| 29 | 06/07/2011 | Suplente | 30 | Colombia | Copa América | Local | Empató | 0 | 0 | |
| 30 | 11/07/2011 | Titular | 84 | Costa Rica | Copa América | Local | Ganó | 3 | 0 | 2 |
| 31 | 16/07/2011 | Titular | 83 | Uruguay | Copa América | Local | Empató | 1 | 1 | |
| 32 | 02/09/2011 | Suplente | 13 | Venezuela | Amistoso | Neutral | Ganó | 1 | 0 | |
| 33 | 06/09/2011 | Suplente | 14 | Nigeria | Amistoso | Neutral | Ganó | 3 | 1 | |
| 34 | 15/11/2011 | Suplente | 45 | Colombia | Eliminatorias | Visitante | Ganó | 2 | 1 | 1 |
| 35 | 29/02/2012 | Titular | 90 | Suiza | Amistoso | Visitante | Ganó | 3 | 1 | |
| 36 | 02/06/2012 | Titular | 62 | Ecuador | Eliminatorias | Local | Ganó | 4 | 0 | 1 |
| 37 | 09/06/2012 | Suplente | 17 | Brasil | Amistoso | Neutral | Ganó | 4 | 3 | |
| 38 | 15/08/2012 | Suplente | 45 | Alemania | Amistoso | Visitante | Ganó | 3 | 1 | |
| 39 | 12/10/2012 | Titular | 72 | Uruguay | Eliminatorias | Local | Ganó | 3 | 0 | 1 |
| 40 | 16/10/2012 | Titular | 81 | Chile | Eliminatorias | Visitante | Ganó | 2 | 1 | |
| 41 | 14/11/2012 | Titular | 90 | Arabia Saudita | Amistoso | Visitante | Empató | 0 | 0 | |
| 42 | 06/02/2013 | Titular | 74 | Suecia | Amistoso | Visitante | Ganó | 3 | 2 | 1 |
| 43 | 07/06/2013 | Titular | 90 | Colombia | Eliminatorias | Local | Empató | 0 | 0 | |
| 44 | 11/06/2013 | Titular | 60 | Ecuador | Eliminatorias | Visitante | Empató | 1 | 1 | 1 |
| 45 | 14/06/2013 | Titular | 45 | Guatemala | Amistoso | Visitante | Ganó | 4 | 0 | |
| 46 | 10/09/2013 | Titular | 75 | Paraguay | Eliminatorias | Visitante | Ganó | 5 | 2 | 1 |
| 47 | 11/10/2013 | Titular | 90 | Perú | Eliminatorias | Local | Ganó | 3 | 1 | |
| 48 | 15/11/2013 | Suplente | 35 | Ecuador | Amistoso | Neutral | Empató | 0 | 0 | |
| 49 | 18/11/2013 | Titular | 76 | Bosnia | Amistoso | Neutral | Ganó | 2 | 0 | 2 |
| 50 | 05/03/2014 | Titular | 56 | Rumania | Amistoso | Visitante | Empató | 0 | 0 | |
| 51 | 07/06/2014 | Suplente | 33 | Eslovenia | Amistoso | Local | Ganó | 2 | 0 | |
| 52 | 15/06/2014 | Titular | 86 | Bosnia | Copa del Mundo | Neutral | Ganó | 2 | 1 | |
| 53 | 21/06/2014 | Titular | 75 | Irán | Copa del Mundo | Neutral | Ganó | 1 | 0 | |
| 54 | 25/06/2014 | Titular | 37 | Nigeria | Copa del Mundo | Neutral | Ganó | 3 | 2 | |
| 55 | 09/07/2014 | Suplente | 39 | Holanda | Copa del Mundo | Neutral | Empató | 0 | 0 | |
| 56 | 13/07/2014 | Suplente | 75 | Alemania | Copa del Mundo | Neutral | Perdió | 0 | 1 | |
| 57 | 03/09/2014 | Titular | 82 | Alemania | Amistoso | Visitante | Ganó | 4 | 2 | 1 |
| 58 | 11/10/2014 | Titular | 60 | Brasil | Amistoso | Neutral | Perdió | 0 | 2 | |
| 59 | 12/11/2014 | Titular | 62 | Croacia | Amistoso | Neutral | Ganó | 2 | 1 | 1 |
| 60 | 31/03/2015 | Titular | 74 | Ecuador | Amistoso | Neutral | Ganó | 2 | 1 | 1 |
| 61 | 06/06/2015 | Titular | 60 | Bolivia | Amistoso | Local | Ganó | 5 | 0 | 3 |
| 62 | 13/06/2015 | Titular | 75 | Paraguay | Copa América | Neutral | Empató | 2 | 2 | 1 |
| 63 | 16/06/2015 | Titular | 81 | Uruguay | Copa América | Neutral | Ganó | 1 | 0 | 1 |
| 64 | 26/06/2015 | Titular | 72 | Colombia | Copa América | Neutral | Empató | 0 | 0 | |
| 65 | 30/06/2015 | Titular | 80 | Paraguay | Copa América | Neutral | Ganó | 6 | 1 | 1 |
| 66 | 04/07/2015 | Titular | 74 | Chile | Copa América | Visitante | Empató | 0 | 0 | |
| 67 | 04/09/2015 | Titular | 80 | Bolivia | Amistoso | Neutral | Ganó | 7 | 0 | 2 |
| 68 | 08/09/2015 | Suplente | 14 | México | Amistoso | Neutral | Empató | 2 | 2 | 1 |
| 69 | 08/10/2015 | Titular | 23 | Ecuador | Eliminatorias | Local | Perdió | 0 | 2 | |
| 70 | 24/03/2016 | Titular | 66 | Chile | Eliminatorias | Visitante | Ganó | 2 | 1 | |
| 71 | 29/03/2016 | Suplente | 14 | Bolivia | Eliminatorias | Local | Ganó | 2 | 0 | |
| 72 | 27/05/2016 | Suplente | 26 | Honduras | Amistoso | Local | Ganó | 1 | 0 | |
| 73 | 06/06/2016 | Suplente | 17 | Chile | Copa América | Neutral | Ganó | 2 | 1 | |
| 74 | 10/06/2016 | Suplente | 15 | Panamá | Copa América | Neutral | Ganó | 5 | 0 | 1 |
| 75 | 14/06/2016 | Titular | 90 | Bolivia | Copa América | Neutral | Ganó | 3 | 0 | |
| 76 | 18/06/2016 | Suplente | 16 | Venezuela | Copa América | Neutral | Ganó | 4 | 1 | |
| 77 | 26/06/2016 | Suplente | 51 | Chile | Copa América | Neutral | Empató | 0 | 0 | |
| 78 | 06/10/2016 | Titular | 72 | Perú | Eliminatorias | Visitante | Empató | 2 | 2 | |
| 79 | 11/10/2016 | Titular | 90 | Paraguay | Eliminatorias | Local | Perdió | 0 | 1 | |
| 80 | 10/11/2016 | Suplente | 45 | Brasil | Eliminatorias | Visitante | Perdió | 0 | 3 | |
| 81 | 23/03/2017 | Titular | 57 | Chile | Eliminatorias | Local | Ganó | 1 | 0 | |
| 82 | 28/03/2017 | Suplente | 35 | Bolivia | Eliminatorias | Visitante | Perdió | 0 | 2 | |
| 83 | 11/11/2017 | Titular | 86 | Rusia | Amistoso | Visitante | Ganó | 1 | 0 | 1 |
| 84 | 14/11/2017 | Titular | 45 | Nigeria | Amistoso | Neutral | Perdió | 2 | 4 | 1 |
| 85 | 29/05/2018 | Suplente | 32 | Haití | Amistoso | Local | Ganó | 4 | 0 | 1 |
| 86 | 16/06/2018 | Titular | 90 | Islandia | Copa del Mundo | Neutral | Empató | 1 | 1 | 1 |
| 87 | 21/06/2018 | Titular | 54 | Croacia | Copa del Mundo | Neutral | Perdió | 0 | 3 | |
| 88 | 26/06/2018 | Suplente | 10 | Nigeria | Copa del Mundo | Neutral | Ganó | 2 | 1 | |
| 89 | 30/06/2018 | Suplente | 24 | Francia | Copa del Mundo | Neutral | Perdió | 3 | 4 | 1 |
| 90 | 07/06/2019 | Titular | 45 | Nicaragua | Amistoso | Local | Ganó | 5 | 1 | |
| 91 | 15/06/2019 | Titular | 78 | Colombia | Copa América | Neutral | Perdió | 0 | 2 | |
| 92 | 19/06/2019 | Suplente | 45 | Paraguay | Copa América | Neutral | Empató | 1 | 1 | |
| 93 | 23/06/2019 | Titular | 90 | Qatar | Copa América | Neutral | Ganó | 2 | 0 | 1 |
| 94 | 28/06/2019 | Titular | 84 | Venezuela | Copa América | Neutral | Ganó | 2 | 0 | |
| 95 | 02/07/2019 | Titular | 90 | Brasil | Copa América | Visitante | Perdió | 0 | 2 | |
| 96 | 06/07/2019 | Titular | 80 | Chile | Copa América | Neutral | Ganó | 2 | 1 | 1 |
| 97 | 18/11/2019 | Titular | 90 | Uruguay | Amistoso | Neutral | Empató | 2 | 2 | 1 |
| 98 | 14/06/2021 | Suplente | 11 | Chile | Copa América | Neutral | Empató | 1 | 1 | |
| 99 | 21/06/2021 | Titular | 57 | Paraguay | Copa América | Neutral | Ganó | 1 | 0 | |
| 100 | 28/06/2021 | Titular | 62 | Bolivia | Copa América | Neutral | Ganó | 4 | 1 |
FOTO DE PORTADA: DOUGLAS MAGNO / AFP