Fernando Gago es uno de los jugadores emblemáticos en la historia moderna de Boca Juniors. Vistió la camiseta del club de la Ribera en 199 oportunidades, convirtiendo 8 goles y obteniendo 9 títulos.
| Fecha | Competencia | Partido |
| 22/05/2005 | Torneo Clausura 2005 | Boca 2-River 1 |
| 16/10/2005 | Torneo Apertura 2005. | River 0- Boca 0 |
| 26/03/2006 | Torneo Clausura 2006 | Boca 1- River 1 |
| 08/10/2006 | Torneo Apertura 2006 | River 3- Boca 1 |
| 06/10/2013 | Torneo Inicial 2013 | River 0- Boca 1 |
| 30/03/2014 | Torneo Final 2014 | Boca 1- River 2 |
| 05/10/2014 | campeonato 2014 | River 1- Boca 1 |
| 20/11/2014 | Copa Sudamericana 2014 | Boca 0- River 0 |
| 27/11/2014 | Copa Sudamericana 2014 | River 1- Boca 0 |
| 03/05/2015 | Campeonato 2015 | Boca 2- River 0 |
| 07/05/2015 | Copa Libertadores 2015 | River 1- Boca 0 |
| 14/05/2015 | Copa Libertadores 2015 | Boca 0- River 0 |
| 13/09/2015 | Campeonato 2015 | River 0- Boca 1 |
| 06/03/2016 | Campeonato 2016 | River 0- Boca 0 |
| 24/04/2016 | Campeonato 2016 | Boca 0- River 0 |
| 11/12/2016 | Campeonato 2016/2017 | River 2- Boca 4 |
| 14/05/2017 | campeonato 2016/2017 | Boca 1- River 3 |
| 05/12/2018 | Copa Libertadores 2018 | River 3- Boca 1 |
Partidos Jugados: 18
Victorias: 5
Goles Convertidos: 1 (0.06)
Empates: 7
Derrotas: 6
Expulsiones: 1
Vistiendo la camiseta de Boca Juniors, solo convirtió un gol ante el rival de toda la vida, fue en la derrota de 2 a 1 por la fecha 24 del campeonato de primera división 2017.
Sus lesiones ante River Plate
Un aspecto que marcó la carrera de Fernando Gago fueron sus lesiones, y frente al MIllonario también sufrió en ese aspecto. Fueron cinco en total:
El 6 de octubre de 2013 sufrió un desgarro en el recto anterior de la pierna derecha en la victoria de Boca 1-0 vs River, fue reemplazado a los 40’ del st. Volvió a jugar el 25 de octubre, victoria 2-0 vs Colón como local. Se perdió 2 partidos
El 27 de noviembre de 2014 por la vuelta de la semifinal de la Copa Sudamericana, derrota 0-1 y eliminación vs River. Salió a los 41’ pt. Sufrió una distensión en el aductor derecho. Fue su último partido en el 2014. Se perdió los dos partidos finales del año.
El 13 de septiembre de 2015 se lesionó a los 25 segundos vs River en la fecha 24 (victoria 1-0 como visitante) sufrió la rotura del tendón de Aquiles de la pierna izquierda, por la cual estará unos seis meses sin jugar. Volvió el 6 de febrero de 2016 vs Temperley. Se perdió 12 partidos
El 24 de abril de 2016 sufrió otra grave lesión (en el 0-0 VS River en la fecha 12) ya que se confirmó oficialmente "la ruptura insercional del tendón de Aquiles" izquierdo. Volvió el 27 de noviembre de 2016 ante San Lorenzo en el 2-1 en el Nuevo Gasómetro. Se perdió 24 partidos.
El domingo 9 de diciembre de 2018 se rompió el tendón de Aquiles en la final de vuelta de la Libertadores en el Bernabéu, derrota 1-3 vs River. Fue su último partido en Boca y se anunció su retiro del fútbol.
Gago como entrenador
Fernando Gago enfrentó a River Plate en tres oportunidades, todas derrotas por el torneo local.
26 de agosto de 2021, Fecha 8 Liga Profesional, 2021, River 2, Aldosivi 0.
09 de mayo de 2021, Copa de La Liga Profesional 2021, River 4, Aldosivi 1. 25 de noviembre de 2021, Liga Profesional 2021, River 4, Racing 0.
27 de abril. El equipo del técnico argentino se impuso 1-0 ante Atlas y sacó pasaje a los playoffs de la Liga MX, tras encadenar cinco victorias en fila.
26 de marzo. El ex entrenador disparó contra un jugador de su último ciclo. "Estaba celoso", expresó.
20 de marzo. El técnico de Chivas fue multado por la Comisión Disciplinaria de la Federación Mexicana de Futbol.
14 de marzo. Pese al triunfo 3-2 en el clásico nacional contra América en el estadio Azteca, las Águilas avanzaron con un global de 5-3.
08 de marzo. El equipo de Guadalajara cayó goleado 3-0 frente a América por la Concachampions y el entrenador argentino fue cuestionado por los hinchas y la prensa mexicana.
07 de febrero. El club de Guadalajara comenzó con el pie derecho su andar en la Concachampions con un sólido triunfo 3-1 en Canadá ante Forge FC. Este certamen también lo disputa el Inter Miami de Messi.