Después de jugar tres años en San Lorenzo, entre enero de 2013 y diciembre de 2015, y habiendo obtenido el Torneo Inicial 2013 y la Copa Libertadores 2014, el rosarino regresa al club de Boedo en su nueva función.
Cetto ahora será el Director del Fútbol Profesional y Juvenil de San Lorenzo. El presidente de la institución de Boedo, Horacio Arreceygor, afirmó que están “muy contentos de haber contratado a Mauro. Fue un baluarte importante en el plantel que tantas alegrías nos dio en 2013 y 2014. Un referente positivo, al que hoy sumamos en una función clave para reorganizar el Fútbol y lograr retomar la senda del éxito".
Tras haber firmado con el club azulgrana, Cetto afirmó estar “feliz y orgulloso, acá pasé uno de los momentos más hermosos de mi carrera, y siempre sentí un afecto especial por este club. Intentaremos volver a poner a San Lorenzo en lo más alto".
Mauro Cetto realizó su primera experiencia como mánager tras su retiro como futbolista en Rosario Central en 2017. Con él en su nuevo cargo y bajo la dirección técnica de otro ícono sanlorencista como Edgardo Bauza, el Canalla volvió a alzar un título tras 23 años de sequía (Copa Argentina 2018).